LFF II lyga – trečiasis Lietuvos futbolo sistemos lygmuo. Nuo 2021 m. planuojama lygoje išlaikyti 16 komandų. Iki tol lygą sudarė 2 zonos: Pietų zona ir Vakarų zona. Praeityje egzistavo ir Šiaurės zona bei Rytų zona, tačiau dėl dalyvių trūkumo šios lygos buvo panaikintos.
2021 m. LFF įvedė pokyčius Lietuvos futbolo lygų sistemoje. LFF perėmė II lygos pirmenybių organizavimą, panaikino Pietų ir Vakarų zonas ir vietoje jų įsteigė vieną centralizuotą lygą, kurioje tikisi matyti 16 komandų – 8 klubus ir 8 dukterines komandas.[1][2] Centralizuota antroji lyga jau buvo išbandyta 1994 m. bet po trijų sezonų buvo vėl sugrįžta prie zoninių varžybų organizavimo.
Pernai II lygos Pietų ir Vakarų zonose žaidė 26 komandos. A lygos komandų skaičius buvo padidintas nuo 6 iki 10, o Pirmos lygos nuo 14 iki 16. Viso pirmuose trijuose lygmenyse numatyta 42 komandos, į kurias 2021 m. pretendavo 49 paraiškas padavusios komandos. Sportiniu principu numatoma kad dvi komandos kils į Pirmą lygą, tačiau ir toliau galutinį sprendimą lems licincijavimosi procesas, įvertinantis klubo finansinius, teisinius, infrastruktūros ir personalo kriterijus. Dėl iškritimo iš II lygos informuota nebuvo.
Dar vienas svarbus pokytis 2021 m. buvo pristatyas jau 2020 m. rugsėjo 10 d. – naujas reikalavimas II lygos klubams savo struktūroje privalomai turėti bent tris komandas (įskaitant jaunimo vaikinų ir merginų), kurios dalyvauja LFF pripažįstamose varžybose.[3]
2017 metais, kai buvo panaikinta LFF II lygos Rytų zona, Rytų zonos klubai galėjo pasirinkti dalyvauti II lygos Pietų zonos pirmenybėse arba VRFS organizuojamose III lygos pirmenybese.
Šiaurės zona egzistavo 2002-2007 metais, po to ši zona pervadinta į Vakarų zoną.
Kiekvienos zonos komandos sezono metu tarpusavyje sužaisdavo po dvejas rungtynes – namuose ir išvykoje.
Komandos, sezono pabaigoje savo zonoje užėmusios pirmąsias vietas, būdavo apdovanojamos zonų nugalėtojų taurėmis, būdavo įteikiami diplomai bei aukso medaliai. Šios komandos turėjo teisę kilti į LFF I lygą, jas pakeisdavo paskutines vietas LFF I lygoje užėmusios komandos.
Antrąją ir trečiąją vietas užėmusioms komandoms būdavo įteikiami diplomai ir atitinkamai sidabro ir bronzos medalių komplektai.
Dažnai klubų dalyvavimas lygoje neatspėjo praėjusio sezono sportiniu pagrindu užimtų pozicijų. Klubo dalyvavimą tam tikroje lygoje lėmė licencijavimo procesas, įvertinantis klubo finansinius, teisinius, infrastruktūros ir personalo kriterijus.