2017 m. ruošėsi A lygos sezonui. "Žiemos taurės 2017" turnyre po pralaimėjimo Latvijos Metta/LU klubui susilaukė įtarimų dėl nesąžiningo žaidimo.[1] Pradėtas tyrimas dėl galimų sąžiningo žaidimo principų pažeidimų, po kurio skirtos nuobaudos treneriams ir žaidėjams.
2017 m. vasario 24 d. LFF informavo, kad buvo gautas oficialus Kazlų Rūdos futbolo klubo „Šilas“ raštas, kuriame klubo vadovybės vardu informuojama apie tai, kad „atsiradus finansiniams sunkumams komanda nedalyvaus šių metų A lygos čempionate“.[2]2017 m. kovo viduryje pranešta, kad klubas varžysis II lygoje. Šiame lygmenyje sezonas klostėsi sunkiai. Jaunimas iškovojo vos septynis taškus ir iš dešimties dalyvių liko paskutinėje vietoje.
2018 m. sezonas Antroje lygoje kostėsi sėkmingai. Ilgą laiką komanda pirmavo, tik sezono pabaigoje prarado svarbius taškus ir pasibaigus pirmenybėms turėjo surinkę vienodai taškų su Kauno „Hegelmann Litauen“. Buvo žaidžiamos papildomos rungtynės. Jos buvo sužaistos lapkričio 24 d. Kauno „Hegelmann Litauen“ nugalėjo varžovus rezultatu 4-3 ir tapo Antros lygos, Pietų zonos nugalėtojais.
2019 m. sezone komanda pirmoje sezono pusėje neįsitvirtino tarp lyderių, tačiau antroje, pasistiprino Big Benu ir sėkmingai rinkosi taškus. Sužaidus visas 24 rungtynes tapo pirmenybių lyderiais, tačiau Kauno Žalgiris B, buvo sužaidę net keturiomis rungtynėmis mažiau. Atkeltas rungtynes kauniečiai sužaidė neprarasdami taškų ir vos vienu tašku išsiveržė į pirmą vietą. Kazlųrūdiškių ekipa nukrito į antrą poziciją.[3]
2020 m. komanda žaidė Antroje lygoje. 2020 m. rugpjūčio 15 d. pasiekė įspūdingą pergalę rezultatu 18:1 prieš FK Vidzgiris.[4] Sezono pabaigoje turėjo persvarą prieš artimiausius persekiotojus ir tapo Antros lygos, Pietų zonos nugalėtojais.[5]
2015 m. suburta dublerių ekipa vadinosi Šilas B. 2016 m. dalyvavo II lygos Pietų zonos pirmenybėse. 2017 m. pagrindinei komandai pasitraukus į II lygą, B komanda buvo išformuota.
