Prie kaimo yra Krikštonių piliakalnis ir pilkapynas. Istoriniuose šaltiniuose Krikštonys pirmą kartą paminėti 1434 m. Ldk Žygimanto Kęstutaičio raštuose. XVI a. plaukiojo keltas per Nemuną. XVIII a. pradžioje per kaimą ėjo pašto kelias. XIX a. Krikštonys – kaimas ir palivarkas Seinų apskrities Kudrėnų valsčiuje, priklausęs Seirijų parapijai.[3]
1926 m. įkurta Krikštonių parapija. 1944 m. gruodžio 24-25 dienomis sovietinių kareivių buvo sudegintos ūkininkų Karolio Dundziaus ir Jono Grušausko sodybos, o jis pats 1945 m. pradžioje buvo suimtas ir išvežtas į Sibirą. Kalėjo Komijos lageriuose. Paleistas 1946 m. rugpjūčio 26 d. nesurinkus kaltės įrodymų. Sovietmečiu buvo kolūkio centrinė gyvenvietė.[4] Kaimo bažnyčią, mokyklą, kelis gyvenamuosius namus ir kapines projektavo bei su parapijiečiais statė klebonas Jonas Reitelaitis. Veikia jo vardo muziejus. 2020 m. patvirtintas Krikštonių herbas.
↑Krikštonys. Lietuviškoji tarybinė enciklopedija, VI t. Vilnius: Mokslo ir enciklopedijų leidybos institutas, 1980. T.VI: Kombinacija-Lietuvos, 174 psl.