1918 m. vyskupo pavedimu vyko į Seinus ir tų pačių metų rudenį atkurė lietuvių kalba dėstomą Seinų kunigų seminariją, tapo jos rektoriumi. Po metų lenkų valdžia seminariją uždarė, o klierikus deportavo į Lietuvą. Ištremta seminarija įsikūrė Zyplių dvare, vėliau persikėlė į Gižus, po to į Vilkaviškį. Visus nelengvus tuo meto organizacinius ir finansinius seminarijos klausimus teko spręsti V. Vizgirdai. 1926 metais paskirtas Kudirkos Naumiesčioklebonu ir dekanu, kartu dirbo Vilkaviškio vyskupijoskurijoje. Mirus vyskupuiAntanui Karosui, 1947 – 1949 m. valdė vyskupiją.
1949 m. gegužės mėn. LTSR saugumo organai pagal agentūrinę bylą „Tina’’ suėmė Vilkaviškio vyskupijos valdytoją Vincą Vizgirdą, kurijos kanclerį kun. Stasį Mikelkevičių bei dar penkis šios vyskupijos kunigus ir nuteisė kalėti. Pagal bylos medžiagą valdytojas patarinėjęs antitarybinio pogrindžio dalyviams kaip toliau tęsti kovą, o jam talkinęs S. Mikelkevičius. Iš kalėjimo grįžo 1954 m. ir iki mirties gyveno Marijampolėje, buvo rezidentu bažnyčioje bei daug bendravo su likimo draugu kunigu Petru Dvaranausku.