Nacionalinė futbolo akademija įkurta LFF iniciatyva. Tai buvo vienintelė Lietuvoje po Nepriklausomybės įsteigta speciali sporto mokykla, kurioje buvo rengiami didelio sportinio meistriškumo futbolininkai, tobulinami futbolo treneriai, siekiantys įgyti trenerio licencijas.[1]
FK NFA komanda debiutavo 2012 metų Pirmoje lygoje. Tarp dešimties komandų liko šeštojoje pozicijoje.
2013 m. futbolo sezone FK NFA komanda dalyvavo Antroje lygoje, Pietų zonos pirmenybėse. Trylikos komandų pirmenybėse po pirmojo rato ši ekipa buvo trečiojoje vietoje, o po vasaros vietoje NFA projekto atsirado FC Stumbras, kuris lygoje pakeitė NFA.
Nauja ekipa vėl suburta 2017 m., treniruojama Gintaro Krasausko. Žaidė Antroje lygoje Pietų zonoje, ir užėmė pirmąją vietą.
FK NFA komanda 2018 m. dalyvavo Pirmos lygoje. Pirmenybes pradėjo pergale prieš lygos senbuvius ir 2017 m. trečios vietos laimėtojus Vilniaus Vytis. Tačiau palaipsniui nukrito į turnyro lentelės apačią. Tapo vienintele komanda, kuri įsigudrino pralaimėti Klaipėdos „Koralui“, kurie netrukus pasitraukė iš pirmenybių. Tiesa, FK NFA sezono pabaigoje (2018 m. spalio 6 d.) gan netikėtai sugebėjo apžaisti FK Utenis ir sutriuškino juos 4-0.[2] Galutinėje komandų rikiuotėje liko dešimtoje vietoje iš keturiolikos dalyvių.[3] Po sezono pabaigos NFA vyko reformos, ir FK NFA buvo išformuota.
2019 metais akademijos valdymą iš LFF perėmė VšĮ „Kauno futbolo akademija“ (Be1SC), ir pakeitė pavadinimą į „Be1 Nacionalinė Futbolo Akademija“.
2021 m. buvo suformuota komanda, ir pateikta licenciją žasti LFF I lygoje. Klubo vadovai motyvavo sprendimą tuo kad jau yra futbolininkų karta, kuri išaugo jaunimo futbolą ir daug žaidėjų yra pasiruošę žaisti vyrų futbolo lygmenyje, o FK NFA komanda jau turėjo I lygos licenciją ir žaidė joje 2018 m.[4]
