Akademija buvo įkurta 2007 m. Eilę metų dalyvauja Lietuvos Futbolo Federacijos organizuojamame vaikų ir jaunių futbolo čempionate. Taip pat aktyviai dalyvauja tarptautiniuose futbolo turnyruose, bei organizuoja turnyrus Vilniuje.
2018 m. buvo suburta komanda, kuri dalyvavo LFF II lyga pirmenybėse. Užėmė aštuntą vietą. 2018 m. gruodžio mėnesį paskelbta, kad sieks 2019 m. Pirmos lygos licencijos.[1]
BFA sėkmingai įgyvendino licencijavimosi kriterijus ir komandai buvo suteiktas Pirmos lygos licencija. (Licencija buvo suteikta po apeliacijos teikimo.)
LFF VK patenkino VšĮ „Baltijos futbolo akademijos“ prašymą leisti klubo komandai dalyvauti 2019 m. Pirmos lygos pirmenybėse su pavadinimu FK „Vilnius“. Ši nauja komanda (FK Vilnius) buvo suformuota BFA pagrindu, o prisijungus keliems vyresniems žaidėjams buvo tikimasi, kad naujadaras kovos dėl aukštų vietų Pirmoje lygoje ir patekimo į A lygą. 2019 m. sezono pradžioje ekipa sunkiai rinko taškus ir buvo tarp lygos nevykėlių, bet antroje pusėje pavyko susirinkti taškus ir tiesioginių konkurentų ir pakilo į vienuoliktą poziciją.
2019 m. gruodžio mėn. paskelbta, kad 2020 m. Pirmos lygos licencijų siekia 14 komandų.[2] Tarp jų minima BFA, tačiau dar nėra aišku, kurioje lygoje bus komanda.[3] Taip pat pranešta, kad FK Vilnius traukiasi iš Pirmos lygos, o partnerystė tarp BFA ir Vilniaus FK nutraukiama. Sausio 31 d. buvo patvirtinta kad BFA sieks I lygos licenzijos.[4]
