Akademija buvo įkurta 2007 m. Eilę metų dalyvauja Lietuvos Futbolo Federacijos organizuojamame vaikų ir jaunių futbolo čempionate. Taip pat aktyviai dalyvauja tarptautiniuose futbolo turnyruose, bei organizuoja turnyrus Vilniuje.
2018 m. buvo suburta komanda, kuri dalyvavo LFF II lyga pirmenybėse. Užėmė aštuntą vietą. 2018 m. gruodžio mėnesį paskelbta, kad sieks 2019 m. Pirmos lygos licencijos.[2]
BFA sėkmingai įgyvendino licencijavimosi kriterijus ir komandai buvo suteiktas Pirmos lygos licencija. (Licencija buvo suteikta po apeliacijos teikimo.)
LFF VK patenkino VšĮ „Baltijos futbolo akademijos“ prašymą leisti klubo komandai dalyvauti 2019 m. Pirmos lygos pirmenybėse su pavadinimu FK „Vilnius“. Ši nauja komanda (FK Vilnius) buvo suformuota BFA pagrindu, o prisijungus keliems vyresniems žaidėjams buvo tikimasi, kad naujadaras kovos dėl aukštų vietų Pirmoje lygoje ir patekimo į A lygą. 2019 m. sezono pradžioje ekipa sunkiai rinko taškus ir buvo tarp lygos nevykėlių, bet antroje pusėje pavyko susirinkti taškus ir tiesioginių konkurentų ir pakilo į vienuoliktą poziciją. Po sezono pabaigos FK Vilnius nutarė pasitraukti iš Pirmos lygos, ir partnerystė tarp BFA ir FK Vilnius nutrūko. Sausio 31 d. buvo patvirtinta kad BFA sieks I lygos licenzijos.[3]
BFA sėkmingai licencijavosi ir žaidė Pirmoje lygoje. Sezonas susiklostė nesėkmingai: pirmuosius taškus (pirmą pergalę) iškovojo tik rugsėjo 13 d., o antrą pergalę šventė tryliktame ture rugpjūčio 29 d. Iškovoję dvi pergales pateko į silpnųjų grupę ir kovojo dėl išlikimo Pirmoje lygoje.[4]
2020 m. rugsėjo mėn. trenerių štabą papildė Georgas Freidgeimas.[5] Po pirmojo etapo liko silpnųjų grupėje, o po antrojo etapo galutinėje komandų rikiuotėje užėmė tryliktą vietą.
2021 m. Pirmoje lygoje ekipai sekėsi išlaikyti distanciją nuo komandų, kovovančių dėl išlikimo.[6] Pačioje sezono pabaigoje BFA ekipa nukrito į 12 poziciją iš 14 dalyvių ir ėmė grėsti perkėlimas į Antrą lygą.[7]2021 m. ekipa liko dvyliktoje vietoje.[8]
