2018 m. FK „Panevėžys“ tapo VŠĮ Futbolo akademija „Panevėžys“ dalininku. Šios akademijos, bei R. Sargūno sporto gimnazijos auklėtinių pagrindu buvo suburta dublerių ekipa.[1]
FK Panevėžys dublerių ekipa pirmą kartą pirmenybėse dalyvavo 2019 m. Jie dalyvavo III pakopos pirmenybėse (LFF II lyga, Pietų zona). Ekipa užėmė ketvirtą vietą. Komandos puolimo lyderiais buvo Eimantas Abramavičius, pelnęs 12 įvarčių ir Armandas Kučys, pelnęs 14 įvarčių.[2]
Nors užėmusi tik 4 vietą, Panevėžys B komanda siekė 2020 m. Pirmos lygos licencijos,[3] ir ją gavo. 2020 m. komandos treneriu tapo Darius Žindulis.[4] Stabiliu žaidimu nepasižymėjusi ekipa pateko į geriausių komandų aštuntuką, o tarp stipriausių liko paskutinėje (aštuntoje) vietoje.[5][6] Ekipoje savo žaidimu išsiskyrė du septyniolikmečiai: Domantas Vaičekauskas ir Evaldas Urmonas. Iš karto po sezono pasirašytos sutartys su šiais žaidėjais.[7]Domantas Vaičekauskas spėjo debiutuoti ir pagrindinėje komandoje. 2020 m. A lyga sužaidė dvi rungtynes.[8]
2021 m. galutinėje komandų rikiuotėje liko ketvirti iš keturiolikos dalyvių.[9]
