Šiaulių FA 2017 m. dalyvavo LFF II-os lygos pirmenybėse. [3]2017 m. pabaigoje įvyko reorganizacija ir Šiaulių futbolo akademija tapo VŠĮ FA "Šiauliai".
Šiaulių FA padavė paraišką licencijuotis 2019 m. Pirmos lygos pirmenybėms,[5] nors 2018 m. Antroje lygoje (vakarų zonoje) užėmė kuklią šeštą vietą. Licencija nebuvo suteikta, tačiau buvo leista dalyvuti išimties tvarka.[6]
2019 m. rugpjūčio 12 d. LFF VK posėdyje buvo patvirtintas VšĮ futbolo akademijos „Šiauliai“ prašymas ją laikyti BĮ „Šiaulių futbolo akademija“ teisių ir pareigų perėmėja, su visomis iš to išplaukiančiomis teisėmis ir pareigomis.[7] Pirmoje lygoje ekipa žaidė nestabiliai, o galutinėje rikiuotėje liko šeštoje vietoje.[8]
2020 m. sėkmingai licencijavosi į LFF I lygą, bei subūrė dublerinę ekipą, kuri dalyvavo Antros lygos pirmenybėse. Pirmajai ekipai vadovavo treneriai Renatas Vestartas ir Tadas Šalkauskas.[9] Po pirmojo etapo ekipa buvo tarp geriausių komandų, o antrame etape sunkiai sekėsi ir komanda liko penktoje vietoje.[10]