1998–1999 m. Lietuvos I futbolo lyga – 80-asis Lietuvos futbolo čempionatas, vykęs 1998–1999 m. Tai buvo paskutinis Lietuvos čempionatas, vykęs sistema ruduo–pavasaris. Varžybas pradėjo 14 komandų, kovojusių vieningoje lygoje.
Pirmenybes pradėjo 14 komandų. Po I rato „Geležinį vilką“ pakeitė „Žalgiris-2“, tad iš viso čempionate kovojo 15 komandų iš 9 miestų – Alytaus (1), Gargždų (1), Kauno (3), Kėdainių (1), Klaipėdos (1), Panevėžio (1), Šiaulių (1), Telšių (1), Vilniaus (5).
Po 6 turo iš varžybų pasitraukė „Panerys“ – jo rezultatai buvo anuliuoti. Po I rato pasitraukė „Mastis“, tačiau jo rezultatai buvo palikti, kadangi komanda sužaidė bent pusę turnyro rungtynių. I rate žaidusią „Geležinio vilko“ komandą II rate pakeitė „Žalgiris-2“.
Algimantas Bertašius. Lietuvos sporto žinynas, T. 14 (1997–2000 m.). – Vilnius, Lietuvos sporto informacijos centras, 2005. // 92 psl. Pastaba: nepateikti visų komandų lygiųjų skaičiai.