2006 m. sezone užėmęs 8 vietą I lygoje ir tapęs antrąja komanda, pretenduojančia į A lygą (kitos komandos nepretendavo, kadangi aukštesnes vietas užėmė 2006 m. I lygoje dar žaidę A lygos komandų dublerių klubai). „Interas“ tuomet žaidė pereinamąsias rungtynes su 9-ąją vietą A lygoje užėmusia FK Šilutės komanda, abejos rungtynės baigėsi lygiosiomis 1:1, o po 11 m baudinių pergalę rezultatu 4:3 šventė Visagino komanda.
Klubas įvykdė LFF licencijavimo komisijos keliamus reikalavimus ir 2007 metų sezone žaidė A lygoje. Tačiau Visagino miesto stadionas neatitiko LFF reikalavimų, komandos vadovybė kaip alternatyvą pasirinko Vilniaus „Žalgirio“ stadioną.
LFF nusprendė neleisti klubui 2008 m. dalyvauti A lygos varžybose. Klubas tais metais nežaidė jokioje lygoje, tačiau 2008–2009 m. susibūrę komandos veteranai ėmė žaisti III lygos Utenos zonoje. Imtas vartoti „Intero veteranų“ pavadinimas.
Pastaba: neįskaitomi 1924–1930, 1935, 1942–1943, 1945 m. sezonai, kai nebuvo vientisos lygos, taip pat 1939–1940, 1941, 1943–1944 m. nebaigtos pirmenybės.