CARF

Manoma, kad šis straipsnis yra beviltiškas.
Jo turinys, struktūra, stilius ar kitos savybės yra tokios, kad jo neįmanoma pritaikyti enciklopedijai.
Priežastis atskirai nesukonkretinta, bet jei ji neakivaizdi, tai gali būti nurodyta istorijoje ar aptarime.
Jei galite parašyti šį straipsnį iš naujo, tegul ir kelis kartus mažesnį, taip ir padarykite!

Šį puslapį ar jo dalį reikia sutvarkyti pagal Vikipedijos standartus.
Jei galite, sutvarkykite.

Šį straipsnį ar jo skyrių reikėtų peržiūrėti.
Būtina ištaisyti gramatines klaidas, patikrinti rašybą, skyrybą, stilių ir pan.
Ištaisę pastebėtas klaidas, ištrinkite šį pranešimą.

CARF (angl. CRISPR Associated Rossman Fold) – su CRISPR sistemomis susiję baltymai, kurie sąlygoja III tipo CRISPR sistemų papildomą atsaką prieš užpuolikus. Šie baltymai gali surišti ciklinius oligoadenilatus (žiede susijungusias adenino ir ribozės fosfato molekules, cOA) ir tokiu būdu aktyvuoti efektorinį domeną, kuris sąlygoja DNR, RNR hidrolizę, proteolizę ir kitas grįžtamas arba negrįžtamas reakcijas.^[1]

CARF baltymai efektoriai

CARF baltymai geba atpažinti cOA ir aktyvuoti įvairius savo efektorinius domenus. Labiausiai ištirti CARF baltymai yra Csm6 ir Csx1^[1]. Aktyvuoti Csm6 ar Csx1 atlieka RNR degradaciją, taip stabdydami tiek bakteriofago, tiek ir šeimininko, baltymų sintezę ^[2].

Kita CARF baltymų grupė yra baltymai kuriuose šis domenas sulietas su PDEXK tipo nukleazėmis. Card1 baltymas, randamas Treponema succinifaciens, geba skaidyti viengrandines RNR ir DNR taip pervedant šeimininko ląsteles į ramybės būseną (angl. dormancy)^[3]. Kiek kitokiu veikimo mechanizmu pasižymi Can1 (CRISPR ancillary nuclease 1, angl.. Šis baltymas geba įvesti vienos grandinės trūkį atsitiktinėje plazmidės vietoje^[4]. Kitas baltymas yra Can2 (CRISPR ancillary nuclease 2, angl.), tačiau šis geba skaidyti ne tik DNR, bet ir RNR ^[5].

CARF baltymų reguliavimas

Kadangi aktyvuoti CARF baltymai gali hidrolizuoti ir šeimininko RNR ar DNR, tai jų veikimas turi būti griežtai reguliuojamas. Pasibaigus viruso infekcijai, cOA turi būti sudegraduojami. CARF baltymai gali patys skaidyti cOA taip inaktyvuodami patys save, kaip pavyzdžiui Csm6 ^[6], arba pasitelkia ląstelėse esančias nepriklausomas žiedo nukleazes tokias kaip Crn1 (CRISPR ring nuclease 1, angl.) ^[7]. Įdomu ir tai, kad žiedo nukleazes pasitelkia ne tik šeimininko ląstelės, bet ir virusai – AcrIII-1 baltymas yra koduojamas viruso genome ir atlieka cOA skaidymą, taip degraduodamas CARF baltymų aktyvatorių ir sumažindamas ląstelės atsparumą infekcijai ^[8].

CARF klasifikacija

CARF baltymai skirstomi į 9 grupes pagal jų CARF domenų tarpusavio panašumą. Pastebėtina, kad grupėse gerai sutampa ir efektoriniai domenai. Pavyzdžiui, darbe jau minėtas Csm6 baltymas priklauso CARF1 grupei, kuri yra stipriai susijusi su III-A tipo CRISPR-Cas sistemomis ^[9].

Išnašos

[:0-1] 1,0 ^1,1 https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2014.00102/full

[2] ttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28663439/

[3] ttps://www.nature.com/articles/s41586-021-03206-x

[4] ttps://www.nature.com/articles/s41467-019-14222-x

[5] ttps://academic.oup.com/nar/article/49/5/2777/6137369?login=false

[6] ttps://academic.oup.com/nar/article/48/16/9204/5884680?login=false

[7] ttps://rnajournal.cshlp.org/content/27/8/855.short

[8] ttps://www.nature.com/articles/s41586-019-1909-5

[9] ttps://academic.oup.com/nar/article/48/16/8828/5879426?login=false

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]