Klubo ištakos siekia 1902 m. Rungtyniavo Čekoslovakijos, Čekijos aukščiausiose lygose.
1993–1995: Bohemijos futbolo lyga (III)
1995–1997: Čekijos ketvirtasis divizionas (IV)
1997–1998: Bohemijos futbolo lyga (III)
1998–2004: Čekijos 2. Liga (II)
2004–0000: Čekijos 1. Liga (I)
Nuo 1993 m. žaidė Bohemijos futbolo lygoje (III). Nuo 1995 m. rungtyniavo kevitrame pagal pajėgumą divizione. Nuo 1997 m. vėl žaidė Bohemijos futbolo lygoje (III). Nuo 1998 m. rungtyniavo Antroje lygoje (ček.2. Liga). 2003–2004 m. tapo Antrosios lygos nugalėtojais ir pateko į stipriausią šalies lygą. Nuo 2004–2005 m. sezone rungtyniavo Pirmoje lygoje (I).
2005–2006 m. iškovojo antrą vietą Čekijos Respublikos futbolo čempionate. Tai geriausias klubo pasiekimas per visą gyvavimo istoriją. 2010–2011 ir 2015–2016 m. iškovojo šalies futbolo taurę.
2024–2025 m. UEFA Europos lygos turnyro atrankoje kovojo prieš Vilniaus rajono FK Transinvest.[1] 2024 m. liepos 25 d. „Mlada Boleslav“ futbolininkai namuose rezultatu 2-0 nugalėjo FK Transinvest. 27 min. pasinaudojęs vartininko klaida pasižymėjo Tomáš Ladra, o 37 min. įvartį pelnė ir Vasil Kušej.[2][3]2024 m. rugpjūčio 1 d. atsakomosiose rungtynėse Vilniuje LFF stadione Čekijos klubas dar kartą nugalėjo Lietuvos atstovus. Matyáš Vojta 78-ąją minutę pelnė vienintelį rungtynių įvartį. „Mlada Boleslav“ nugalėjo bendru dviejų rungtynių rezultatu 3:0 ir pateko į kitą etapą, o Vilniaus rajono FK Transinvest pasirodymas Europos turnyruose baigėsi.[4][5]