Komanda įkurta 1945 m., apie 15 metų buvo viena pagrindinių Klaipėdos miesto komandų. 1962 m. pradžioje Klaipėdoje suburta „Granito“ komanda, kuriai „Baltija“ perdavė savo vietą A klasėje, o pati tų metų pirmenybes baigė „Audros“, vardu, nors nuo kito sezono vėl pavadinta „Baltija“.
Pastaba: neįskaitomi 1924–1930, 1935, 1942–1943, 1945 m. sezonai, kai nebuvo vientisos lygos, taip pat 1939–1940, 1941, 1943–1944 m. nebaigtos pirmenybės.