Įkurta 1945 m. kaip Klaipėdos reprezentacinė komanda „Sodyba“.[1]1946 m. jos pagrindu įkurtas „Audros“ sporto klubas, „Žalgirio“ draugijos narys. Klubas žaidė futbolo ir krepšinio čempionatuose.[2] Komandą šefavo valstybinė prekyba (VP).[3]
Ankstyvuoju sovietmečiu „Audra“ buvo stipriausia ir pagrindinė Klaipėdos futbolo komanda. 1951 m. ją rėmė geležinkeliai.[4]1952–1956 m. komanda veikė prie 1923–2003 m. gyvavusio „Trinyčių“ medvilnės fabriko (vėliau kombinato), kurio sporto kolektyvas įsikūrė 1948 m.[5]1956 m. komandą ėmė remti Klaipėdos „Švyturio“ alaus kombinatas, kurio komanda ji ir tapo.[6]1958 m. žaidėjai perėjo į „Baltijos“ komandą, kurią rėmė laivų statykla.[7]1958–1959 m. „Audra“ jau buvo konservų fabriko komanda, bet 1959 m. rugsėjį jai sugrąžintas „Audros“ vardas. 1960 m. pavasarį „Audrą“ nustelbė FK Baltija Klaipėda,[8] kuriai buvo perduota vieta aukščiausiojoje lygoje. Nors 1961 m. rudenį „Audra“ vėl įgijo teisę žaisti aukščiausiojoje lygoje, bet po sezono iš jos iškrito.
Iki 1976 m. „Audra“ dar žaidė Klaipėdos miesto pirmenybėse, bet vėliau iširo.
Pastaba: neįskaitomi 1924–1930, 1935, 1942–1943, 1945 m. sezonai, kai nebuvo vientisos lygos, taip pat 1939–1940, 1941, 1943–1944 m. nebaigtos pirmenybės.
