Prienų sporto mokykla Lietuvos futbolo varžybose ėmė dalyvauti nuo 1992 m. Iš pradžių ji rungtyniavo III lygoje, o 1997 m. dalyvavo II lygos pirmenybėse. 2002 m. lapkričio 13 d. įkurtas dabartinis klubas (asociacija futbolo klubas „Prienai“). Aukščiausia komandos vieta – 6-oji 2006 m. 2015 m. sezone buvo tapę FC Stumbras dubleriais.[2] Prie klubo veikia vaikų ir jaunimo futbolo mokykla (VšĮ Prienų futbolo mokykla), 2021 m. treniruojamos grupės buvo U17, U14, U11, U8, WU14, WU10.
2022 m. tapo LFF III lyga nugalėtojais Kauno zonoje.[3] 2023 m. bandė licencijuotis į LFF II lygą, tačiau nesėkmingai. Toliau žaidė III lygoje, Kauno zonoje. 2024 m. po apeliacijos gavo II lygos licenciją, tačiau vietos komandai lygoje neatsirado.
FK Prienai 2018 metais debiutavo LSPFA taurės pirmenybėse.
2020 m. klubas žaidė KAFF organizuotame Kauno 'Let's Go Futsal' I lygos čempionate. Po pirmojo etapo užėmė šeštąją vietą. Antrasis etapas buvo sutrukdytas COVID-19 pandemijos protrūkiu.