2016 m. įkurtas klubas, kai susijungė HÜJK Emmaste, įkurtas 2000 m., kitados atstovavęs Hijumos salai, bei Viimsi MRJK, įkurtas 2007 m. (įkūrėjas Martin Reim), kitados rūpinosi vaikų ir jaunimo rengimu. Naujasis klubas „Emmaste“ klubo žaidėjų pagrindu suformavo ekipą, o vadybos, jaunimo ugdymo programos bei stadionas atiteko iš MRJK.[1]
2021 m. Viimsi JK tapo Esiliiga B (III pakopa) nugalėtojais ir pateko į Esiliiga.
Nuo 2022 m. rungtyniavo Esiliiga (antra pakopa). Debiutiniame sezone užėmė ketvirtą vietą. o 2023 m. sezone iškovojo antrą vietą ir dėl patekimo į stipriausią šalies lygą varžėsi pereinamosiose rungtynėse.