Peržiūrėti šaltinį CARF

{{beviltiškas}}{{tvarkyti}}{{gramatika}}
'''CARF''' ({{en|[[CRISPR|'''C'''RISPR]] '''A'''ssociated '''R'''ossman '''F'''old}}) – su [[CRISPR]] sistemomis susiję [[baltymai]], kurie sąlygoja [[III tipo CRISPR]] sistemų papildomą atsaką prieš [[Bakteriofagas|užpuolikus]]. Šie baltymai gali surišti ciklinius oligoadenilatus (žiede susijungusias [[Adeninas|adenino]] ir [[Ribozė|ribozės]] fosfato molekules, cOA) ir tokiu būdu aktyvuoti efektorinį [[Domenas (biologija)|domeną]], kuris sąlygoja [[Deoksiribonukleorūgštis|DNR]], [[Ribonukleino rūgštis|RNR]] hidrolizę, proteolizę ir kitas grįžtamas arba negrįžtamas reakcijas.<ref name=":0">https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2014.00102/full</ref>

== CARF baltymai efektoriai ==
CARF baltymai geba atpažinti cOA ir aktyvuoti įvairius savo efektorinius [[Domenas (reikšmės)|domenus]]. Labiausiai ištirti CARF baltymai yra Csm6 ir Csx1<ref name=":0" />. Aktyvuoti Csm6 ar Csx1 atlieka RNR degradaciją, taip stabdydami tiek [[Bakteriofagas|bakteriofago]], tiek ir šeimininko, baltymų [[Transliacija (biologija)|sintezę]] <ref>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28663439/</ref>.

Kita CARF baltymų grupė yra baltymai kuriuose šis [[Domenas (biologija)|domenas]] sulietas su PDEXK tipo nukleazėmis. Card1 baltymas, randamas ''Treponema succinifaciens'', geba skaidyti viengrandines [[Ribonukleino rūgštis|RNR]] ir [[Deoksiribonukleorūgštis|DNR]] taip pervedant šeimininko ląsteles į ramybės būseną (angl. dormancy)<ref>https://www.nature.com/articles/s41586-021-03206-x</ref>. Kiek kitokiu veikimo mechanizmu pasižymi Can1 ('''C'''RISPR '''a'''ncillary '''n'''uclease 1, angl.. Šis baltymas geba įvesti vienos grandinės trūkį atsitiktinėje plazmidės vietoje<ref>https://www.nature.com/articles/s41467-019-14222-x</ref>. Kitas baltymas yra Can2 (CRISPR ancillary nuclease 2, angl.), tačiau šis geba skaidyti ne tik DNR, bet ir RNR <ref>https://academic.oup.com/nar/article/49/5/2777/6137369?login=false</ref>.

== CARF baltymų reguliavimas ==
Kadangi aktyvuoti CARF baltymai gali hidrolizuoti ir šeimininko [[Ribonukleino rūgštis|RNR]] ar [[Deoksiribonukleorūgštis|DNR]], tai jų veikimas turi būti griežtai reguliuojamas. Pasibaigus [[Bakteriofagas|viruso]] infekcijai, cOA turi būti sudegraduojami. CARF baltymai gali patys skaidyti cOA taip inaktyvuodami patys save, kaip pavyzdžiui Csm6 <ref>https://academic.oup.com/nar/article/48/16/9204/5884680?login=false</ref>, arba pasitelkia ląstelėse esančias nepriklausomas žiedo nukleazes tokias kaip Crn1 (CRISPR ring nuclease 1, angl.) <ref>https://rnajournal.cshlp.org/content/27/8/855.short</ref>. Įdomu ir tai, kad žiedo nukleazes pasitelkia ne tik šeimininko ląstelės, bet ir virusai – AcrIII-1 baltymas yra koduojamas viruso genome ir atlieka cOA skaidymą, taip degraduodamas CARF baltymų aktyvatorių ir sumažindamas ląstelės atsparumą infekcijai <ref>https://www.nature.com/articles/s41586-019-1909-5</ref>.

== CARF klasifikacija ==
CARF baltymai skirstomi į 9 grupes pagal jų CARF domenų tarpusavio panašumą. Pastebėtina, kad grupėse gerai sutampa ir efektoriniai domenai. Pavyzdžiui, darbe jau minėtas Csm6 baltymas priklauso CARF1 grupei, kuri yra stipriai susijusi su III-A tipo CRISPR-Cas sistemomis <ref>https://academic.oup.com/nar/article/48/16/8828/5879426?login=false</ref>.

== Išnašos ==
{{išn}}

[[Kategorija:Biochemija]]
[[Kategorija:Biologija]]