Estijos futbolo pagrindinė kontroliuojanti organizacija – Estijos futbolo asociacija (Eesti Jalgpalli Liit), kontroliuojanti nacionalinę vyrų rinktinę,
taip pat organizuojanti Estijos vyrų futbolo čempionatą bei taurės varžybas, moterų, jaunimo varžybas.
Futbolo asociacija įkurta 1921 m., nuo 1923 m. ji yra FIFA nare, nuo antrojo pasaulinio karo buvo Tarybų Sąjungos futbolo federacijos dalis. 1992 m. atnaujinta asociacijos narystė FIFA, taip pat organizacija priimta į UEFA.
Futbolo lygos organizuojamos piramidės principu:
Aukščiausioji lyga (Meistriliiga) – 2017 m. žaidė 10 komandų
Pirmoji lyga (Esiliiga) – 10 komandų
Antroji lyga (II liiga) – Rytų-Šiaurės (Ida/Põhi) ir Vakarų-Pietų (Lääs/Lõuna) zonos po 14 komandų
Trečioji lyga (III liiga) – Rytų, Šiaurės, Vakarų ir Pietų zonos po 12 komandų
Ketvirtoji lyga (IV liiga) – 4 zonos po 9-10 komandų
