Bosnijos ir Hercegovinos futbolo pagrindinė kontroliuojanti organizacija – Bosnijos ir Hercegovinos futbolo asociacija, kontroliuojanti nacionalinę vyrų rinktinę, taip pat organizuojanti Bosnijos ir Hercegovinos futbolo čempionatą bei taurės varžybas. Futbolo asociacija įkurta 1930 m. birželio 6 d., nuo 1932 m. ji yra FIFA nare, 1954 m. buvo viena UEFA įkūrėjų.
Futbolo lygos organizuojamos piramidės principu:
Aukščiausioji Premijer lyga, kontroliuojama Bosnijos ir Hercegovinos futbolo asociacijos, lygoje varžosi 16 komandų (2007 m.)
Bosnijos ir Hercegovinos Federacijos pirmoji lyga bei Serbų Respublikos pirmoji lyga, kiekviena kontroliuojama atitinkamos federacijos, lygose varžosi po 16 komandų.
Antroji lyga, geografiškai suskirstyta į zonas - 4 zonos Bosnijos Hercegovinos Federacijoje ir 3 zonos Serbų Respublikoje. Atskiras zonas kontroliuoja atitinkama regioninė futbolo federacija. Visose zonose varžosi po 16 klubų, tik Serbų Respublikos 2 zonoje yra 14 komandų.
Regioninės lygos - 9 zonos Bosnijos ir Hercegovinos Federacijoj (suskirstyta pagal kantonus) bei 6 zonos Serbų Respublikoje.
Kai kurie kantonai turi žemesnes lygas, kituose regionuose organizuojamos miesto bei tarpmiestinės lygos.
