Klubai suskirstyti į 8 grupes. Grupių turnyrai vyko vieno rato sistema (be atsakomųjų rungtynių). Į kitą etapą pateko po 3 geriausias komandas iš grupės. Grupių galutinės lentelės:
Į šį etapą pateko 24 komandos iš praėjusio etapo ir 8 komandos, užėmusios trečiąsias vietas Čempionų lygos grupėse. Burtai surengti taip, kad UEFA taurės grupių nugalėtojai žaidžia su trečiąsias vietas užėmusiomis komandomis, o buvę Čempionų lygos dalyviai – su antrąsias vietas užėmusiais klubais. Komandos iš tos pačios grupės ar šalies tarpusavyje susitikti negali.
Varžybų debiutantė CF Getafe vos nepateikė sensacijos: pirmosiose rungtynėse žaisdami su turnyro favoritu Bayern Munchen, ispanai išlygino rezultatą paskutinę rungtynių minutę, tačiau atsakomosiose rungtynėse vokiečiai taip pat įmušė įvartį pačioje rungtynių pabaigoje, taip iškovodami pratęsimą, o jo metu taip pat išlygino rezultatą paskutinę minutę ir dėl svečiuose pelnytų įvarčių pateko į pusfinalį.