↑ 1,01,11,21,3FC Barcelona klubui laimėjus 2005-2006 metų Čempionų lygą bei Ispanijos čempionatą, likusi laisva vieta grupių etape atiteko Celtic (turėjo pradėti nuo trečiojo atrankinio etapo), Maccabi Haifa pradėjo atranką nuo trečiojo etapo (turėjo nuo antro), o Djurgården ir Ružomberok – nuo antrojo etapo (turėjo pradėti nuo pirmojo)
16 komandų į grupių etapą pateko be atrankos, kitos 57 komandos kovojo dėl likusių 16 kelialapių į grupių etapą. 22 komandos atranką pradėjo nuo pirmojo etapo, 17 komandų – nuo antrojo, 18 komandų – nuo trečiojo.
Pirmosios etapo rungtynės žaistos 2006 m. rugpjūčio 8-9 dienomis, antrosios – rugpjūčio 22-29 d. Šiame etape pralaimėjusios komandos pateko į UEFA taurės pirmąjį atrankos etapą.
Belgrado „Crvena Zvezda“ klubas pateko į atranką kaip Serbijos ir Juodkalnijos futbolo asociacijos narys, nors 2006 metais klubas jau priklauso Serbijos futbolo asociacijai.
Grupių burtai ištraukti 2006 m. rugpjūčio 24 d. Monake. Rungtynės žaidžiamos rugsėjo 12-13, rugsėjo 26-27, spalio 17-18, spalio 31-lapkričio 1, lapkričio 21-22, gruodžio 5-6 dienomis.
Prieš burtų traukimą į grupių varžybas patekusios komandos pagal UEFA koeficientą suskirstytos į 4 krepšelius, kiekvienoje grupėje žais po vieną komandą iš kiekvieno krepšelio: