Nacionalinė futbolo akademija įkurta 2006 metais. Tai vienintelė Lietuvoje po Nepriklausomybės įsteigta speciali sporto mokykla, kurioje rengiami didelio sportinio meistriškumo futbolininkai, tobulinasi futbolo treneriai, siekdami įgyti trenerio licencijas.
2012
Dalyvavo 2012 metų Pirmoje lygoje. Tarp dešimties komandų liko šeštojoje pozicijoje.
2013
2013 m. futbolo sezone NFA komanda dalyvavo Antroje lygoje, Pietų zonos pirmenybėse. Trylikos komandų pirmenybėse po pirmojo rato ši ekipa buvo trečiojoje vietoje, o po vasaros vietoje NFA projekto atsirado FC Stumbras, kuris lygoje pakeitė NFA.
2017
Ekipa vėl suburta 2017 m. suburta. Ji žaidė Antroje lygoje. Pietų zonoje ši komanda už-ėmė pirmąją vietą. (Treneris Gintaras Krasauskas.)
2018
FK NFA komanda 2018 m. dalyvavo Pirmos lygos kovose. Pirmenybes pradėjo pergale prieš lygos senbuvius ir 2017 m. trečios vietos laimėtojus Vilniaus Vytis. Tačiau palaipsniui nukrito į turnyro lentelės apačią. Tapo vienintele komanda, kuri įsigudrino pralaimėti Klaipėdos „Koralui“, kurie netrukus pasitraukė iš pirmenybių. Tiesa, FK NFA sezono pabaigoje (2018 m. spalio 6 d.) gan netikėtai sugebėjo apžaisti FK Utenis ir sutriuškino juos 4-0.[2] Galutinėje komandų rikiuotėje liko dešimtoje vietoje iš keturiolikos dalyvių.[3]
Apranga
2012–2016 m. geltoni marškinėliai ir žalios spalvos šortai. Arba raudonos aprangos.
2018 m. namuose juodi šortai, balti marškinėliai ir baltos kojinės.