1995–1996 m. tuometinis klubas Mažeikių „Mažeikiai“LKAL pirmenybėse užėmė 1 vietą.[2] Vėliau pavadinimas buvo pakeistas į Mažeikių „Nafta“. 1999–2000 m. vėl laimėjo LKAL pirmenybes. „Nafta“ – pirmasis klubas, patekęs į LKL pereinamųjų rungtynių principu.
2000–2001 m. sezone laimėjo antros pagal pajėgumą LKAL pirmenybes ir įveikė LKL autsaiderę Marijampolės „Suvalkiją“ bei įgijo teisę žaisti stipriausioje šalies lygoje. Pirmame LKL sezone 2001–2002 m. Mažeikių „Nafta“ debiutavo sėkmingai ir užėmė 5 vietą. 2003 m. LKL liko 7, o 2004 m. – 6. Pasibaigus 2003–2004 m. sezonui pagrindinė klubo akcininkė „Mažeikių Nafta“ nutraukė paramą klubui, todėl ekipa paskelbė apie savo bankrotą.
Anykščių „KKSC-Elmis“ | Kaišiadorių „Savingė“ | Lazdijų „Briedis“ | Švenčionėlių „Rida“ | Trakų „Trakai“ Ukmergės SC | Utenos „Dauniškio prekyba-Juventus“ | Varėnos „Glassbee“ | Vilniaus KM | Vilniaus raj. krepšinio klubas
C grupė
Klaipėdos universitetas | Klaipėdos „VKKM-Neptūnas“ | Pajūrio „Jūra“ | Pakruojo SC | Palangos SC Panevėžio „Panevėžys“ | Radviliškio „Radviliškis“ | Skuodo „KKSC-Kuršasta“ | Šiaulių KA „Saulė-ŠSG“