Klubas įkurtas 1925 m. Sovietmečiu žaidė Sąjungos čempionate. Nepriklausomos Gruzijos laikotarpiu rungtyniavo aukščiausioje šalies lygoje. Daugkartiniai šalies čempionai ir taurės laimėtojai.
2026–2027 m. UEFA Konferencijų lygos antrojo atrankos etapo burtai lėmė, kad varžovais tapo Vilniaus „Žalgiris“.[1] 2026 m. liepos 23 d. pirmosios „Žalgirio“ ir Tbilisio „Dinamo“ rungtynės vyko Sakartvele. 14 min. įvartį galva pelnė Numanas Kurdičius, 26 m. pasižymėjo Léo Santos ir 30 min. įvartį pelnė Nikolozas Ugrechelidzė.[2] Susitikimas baigėsi triuškinnačia Tbilisio „Dinamo“ pergale rezultatu 3-0.[3][4][5] 2026 m. liepos 30 d. sužaistos atsakomosios rungtynės FK „Žalgirio“ namų stadione Vilniuje. FK Žalgiris sutriuškino Tbilisio „Dinamo“ futbolininkus rezultatu 7-2. Šiame susitikime Dinamo klubui garbės įvarčius pelnė Léo Santos (40 min.) ir Mate Vatsadze (72 min.).[6] Bendras dviejų rungtynių rezultatas 7-5 Žalgirio naudai reiškė, kad į kitą etapą pateko Lietuvos atstovai, o Sakartvelo klubas pasirodymą Europoje baigė.