Iki 2006 m. vasaros buvo Inter Baki dukterinė komanda. 2010 m. birželio pradžioje užklupus finansinėms problemoms jų sezonas buvo blogiausias istorijoje, klubas užėmė 11 vietą ir turėjo iškristi į pirmąją lygą. To neatsitiko, kadangi FK Muğan Salyan taip pat susidūrė su finansinėmis problemomis ir iškrito vietoj Zakatalos klubo. 2015 m. galutinai iširo dėl finansinių problemų.